Unter dem Namen „Zentrum für Frauenstudien und die Erforschung der Geschlechterverhältnisse“ wurde das Cornelia Goethe Centrum im Sommer 1997 auf Initiative von Ute Gerhard (Soziologie), der ersten Inhaberin eines Lehrstuhls für Frauen und Geschlechterforschung in der Bundesrepublik, gegründet. Weitere Gründungsmitglieder waren Susanne Opfermann (Amerikanistik), Brita Rang (Erziehungswissenschaften) und Heide Schlüpmann (Filmwissenschaften). Es war das erste Zentrum dieser Art an einer hessischen Universität. Am 11. Juni 1997 nahm es mit den beiden Mitarbeiter*innen Ulla Wischermann (Soziologie) und Christine Huth-Hildebrand (Erziehungs­wissenschaften) seine Arbeit auf.

Seitdem bietet das Cornelia Goethe Centrum für Studierende, Doktorand*innen, wissenschaftliche Mitarbeiter*innen und Professor*innen einen Raum für Forschung und wissenschaftlichen Austausch sowie für geschlechterpolitische Debatten. 15 Jahre nach der Gründung, im Sommer 2012 sind knapp 50 Professor*innen und wissenschaftliche Mitarbeiter*innen aus acht unterschiedlichen Fachbereichen der Goethe-Universität mit dem CGC verbunden. An dem vom Centrum entwickelten Lehrprogramm für Gender Studies sind ca. 200 Studierende angemeldet, um ein Zusatzzertifikat in diesem Bereich zu erwerben. Im Rahmen des von der Deutschen Forschungsgemeinschaft geförderten Graduier­tenkollegs des Centrums wurden neun Jahre lang insgesamt 50 Nachwuchswissenschaftler*innen gefördert. In den 15 Jahren wurde eine Vielzahl von Forschungsprojekten und Tagungen von Mitgliedern des Centrums durchgeführt.

Seinen Namen Cornelia Goethe Centrum erhielt das „Zentrum für Frauenstudien und die Erforschung der Geschlechterverhältnisse“ am 7. Dezember 2000, anlässlich des 250. Geburtstags von Cornelia Schlosser, geb. Goethe. Mit dieser Namensgebung erhielt die jüngere Schwester Johann Wolfgang Goethes, die aufgrund ihres Geschlechts ihr schriftstellerisches Talent nicht in gleicher Weise wie ihr Bruder weiterentwickeln konnte und deshalb weitgehend unbekannt blieb, endlich eine gebührende Anerkennung. An diesem Tag wird seit der Namensgebung jährlich im Rahmen des Cornelia Goethe Salons vom Förderkreis des CGC der Cornelia Goethe Preis verliehen.